Federalisme di Malaysia atau sistem pentadbiran Persekutuan boleh dikesan bermula sejak tertubuhnya Persekutuan Negeri-Negeri Melayu di Semenanjung Malaysia yang kemudian dikenali sebagai Malaya. Federalisme di Malaysia mula menjadi kukuh dengan penubuhan Persekutuan Malaya. Gabungan Malaya dengan Singapura dengan Borneo Utara yang kini dikenali sebagai Sabah dan Sarawak seterusnya merumitkan lagi keadaan.
Hingga tahun 2008, walaupun Malaysia adalah merupakan sebuah negara persekutuan secara de jure, namun ramai juga orang memandangnya sebagai sebuah negara kesatuan yang de facto. Sesetengah orang berpendapat bahawa kejayaan pakatan pembangkang dalam beberapa pilihan raya negeri pada tahun 2008 merubah iklim politik dan seterusnya mengembalikan federalisme di Malaysia.
