Bukti penempatan manusia moden di Malaysia boleh dikesan sejak 40,000 tahun yang lalu. Di Semenanjung Malaysia sahaja, penduduk awalnya difikirkan adalah daripada bangsa Negrito.
Beberapa bahagian di Malaysia menyertai jaringan Jalan Maritim Jed antara 2000 SM hingga 1000 M. Pedagang dan peneroka dari benua India serta China pula tiba seawal abad pertama masihi di mana mereka membangunkan pelabuhan perdagangan serta kota di pesisiran pantai pada sekitar abad kedua dan ketiga. Kehadiran mereka ini mempengaruhi kebudayaan tempatan dan membawa kepada penyebaran agama Brahman serta ajaran Buddha kepada penduduk di Semenanjung Tanah Melayu. Batu bersurat berbahasa Sanskrit juga muncul menjelang abad ke-4 dan ke-5 M.
Kerajaan Langkasuka yang muncul sekitar abad kedua masihi di kawasan utara Semenanjung Tanah Melayu, berakhir pada kira-kira abad ke-15 masihi. Antara abad ke-7 dan ke-13 masihi, kebanyakan kawasan di selatan Semenanjung Tanah Melayu menjadi sebahagian daripada empayar maritim Srivijaya. Menjelang abad ke-13 dan ke-14 masihi, empayar Majapahit dari Jawa berjaya merebut kekuasaan di beberapa kawasan di Semenanjung Tanah Melayu dan kepulauan Melayu daripada empayar Srivijaya. Pada awal abad ke-15 masihi, Parameswara, seorang putera raja Srivijaya dari Sumatera melarikan diri ke Singapura, dan seterusnya naik ke Melaka lalu membentuk Kerajaan Melaka. Penyebaran Islam menyebabkan Parameswara berpindah agama lalu menganuti agama Islam. Melaka menjadi pusat perdagangan penting pada ketika itu lalu menarik perdagangan dari sekelilingnya ke situ.
Pada tahun 1511, Kesultanan Melaka ditakluki oleh empayar Portugis. Selepas itu, kota Melaka ditawan pula oleh Belanda pada tahun 1641. Pada tahun 1786, empayar British mula masuk ke Melaka, apabila Sultan Kedah memajakkan Pulau Pinang kepada Syarikat Hindia Timur Inggeris. British memperolehi kota Singapura pada tahun 1819, dan pada tahun 1824 mereka mengawal Melaka pula berikutan Perjanjian Inggeris-Belanda.
Menjelang tahun 1826, British mengawal Pulau Pinang atau Penang, Melaka, Singapura dan Pulau Labuan di mana mereka mengasaskan Jajahan Mahkota Negeri Selat atau Crown Colony of the Straits Settlements dalam bahasa Inggeris. Menjelang abad ke-20 masihi, negeri Pahang, Selangor, Perak dan Negeri Sembilan dikelompokkan sekali menjadi Negeri Melayu Bersekutu lalu menerima residen British yang dilantik bagi menasihati istana Melayu yang tertakluk kepada perjanjian berhubung dengan urusan pentadbiran mereka namun mereka. Manakala baki lima lagi negeri di Semenanjung Tanah Melayu dikenali sebagai Negeri Melayu Tidak Bersekutu, tidak ditadbir secara terus oleh pemerintahan British. Mereka menerima penasihat British ketika penghujung abad ke-20 masihi.
Perkembangan di antara Semenanjung Tanah Melayu dan Borneo pada umumnya berasingan sehinggalah abad ke-19 masihi. Di bawah pemerintahan British, migrasi orang China dan India sebagai buruh digalakkan. Kawasan yang kini dikenali sebagai Sabah berada di bawah kawalan British dan dikenali sebagai Borneo Utara apabila kedua-dua Sultan Brunei dan Sultan Sulu memindahkan hak milikan wilayah mereka British antara tahun 1877 dan tahun 1878. Pada tahun 1824, Sarawak dipajakkan oleh Sultan Brunei kepada James Brooke, yang pewarisnya memerintah pula Sarawak sebagai Raja Putih hingga tahun 1946. Selepas itu, Sarawak dijadikan sebagai Jajahan Mahkota British.
Dalam Perang Dunia ke-2, tentera Jepun menakluki dan menduduki Malaya, Borneo Utara, Sarawak dan Singapura selama lebih kurang tiga tahun. Pada ketika itu, hubungan etnik mula menjadi tegang dan semangat nasionalisme pun meningkat. Sokongan popular untuk kemerdekaan juga bertambah selepas Malaya ditawan semula oleh Tentera Berikat.
Pasca peperangan, British bercadang untuk menyatukan pentadbiran Malaya di bawah satu sahaja Jajahan Mahkota yang disebut sebagai "Malayan Union". Cadangan ini ditentang hebat oleh etnik Melayu yang bimbang kuasa pemerintah Melayu akan dilemahkan dan menolak pemberian kewarganegaraan kepada etnik luar yang bermigrasi ke Malaya. Malayan Union diasaskan pada tahun 1946 mengandungi milikan British dalam Semenanjung Tanah Melayu dengan pengecualian kepada Singapura itu kemudian dibatalkan dan digantikan segera dengan Persekutuan Malaya pada 1 Februari 1948. Persekutuan Malaya ini memberikan autonomi kepada pemerintah di negeri-negeri Melayu dalam Semenanjung Tanah Melayu yang dilindungi oleh empayar British.
Pada saat itu juga, kebanyakan pemberontak etnik Cina di bawah kepimpinan Parti Komunis Malaya melancarkan operasi gerila yang digunakan untuk menghalau British keluar dari Malaya. Darurat Malaya (1948 - 1940) melibatkan kempen anti pemberontakan oleh tentera dari Negara Komanwel atau Commonwealth Nations di Malaya. Pada 31 Ogos 1957, Malaya menjadi ahli bebas dalam Pertubuhan Negara Komanwel.
Seterusnya, satu pelan komprehensif dirangka bagi menyatukan Malaya dengan jajahan mahkota Borneo Utara (dikenali sebagai Sabah pada saat penyertaannya), Sarawak dan Singapura. Persekutuan yang dibayangkan itu pada asalnya diniatkan oleh pemegang taruh supaya berlaku pada 31 Ogos 1963 bagi menyelaraskannya dengan hari peringatan kemerdekaan Malaya. Walau bagaimanapun, niat tersebut terpaksa ditunda ke 16 September 1963 disebabkan oleh kaji selidik mengenai tahap sokongan penduduk Sabah dan Sarawak terhadap penyertaan bersama Malaya membentuk satu negara yang diminta oleh Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (UN) hasil daripada permohonan daripada pihak yang menentang persekutuan ini contohnya seperti Sukarno, Presiden Indonesia dan Parti Bersatu Rakyat Sarawak (SUPP). Penangguhan ini memberikan masa yang cukup untuk penyempurnaan kaji selidik yang diminta oleh UN itu.
Persekutuan ini menimbulkan ketegangan termasuklah konflik dengan Indonesia dan konflik berterusan akibat ancaman komunis di Borneo serta Semenanjung Malaya yang merebak sehingga berlakunya Pemberontakan Komunis Sarawak dan Darurat Malaya yang Kedua bersama dengan isu lain seperti serangan rentas sempadan di Borneo Utara oleh lanun Moro dari kepulauan selatan Filipina. Selain itu, Singapura pula ditendang keluar dari Persekutuan pada tahun 1965 akibat pergaduhan antara kaum. Pergaduhan antara kaum ini sampai ke kemuncaknya ditandai dengan rusuhan 13 Mei 1969. Selepas rusuhan kaum tersebut, Dasar Ekonomi Baru (DEB) yang kontroversi telah dilancarkan oleh Tun Abdul Razak, Perdana Menteri Malaysia ke-3 dalam usaha beliau untuk meningkatkan lagi perkongsian ekonomi dalam kalangan suku kaum Bumiputera.
Pada zaman Mahathir Mohamad, Perdana Menteri Malaysia ke-4 sekitar tahun 1980an ekonomi berkembang dengan maju dan proses urbanisasi pun bermula. Ekonomi Malaysia mula berubah dari ekonomi berasaskan pertanian kepada ekonomi industri berat dan pembuatan. Pelbagai projek mega juga diselesaikan seperti pembinaan Menara Berkembar Petronas, Lebuhraya Utara-Selatan, Koridor Super Multimedia, dan Pusat Pentadbiran Kerajaan Persekutuan di Putrajaya.
Pada lewat tahun 1990an, Krisis Kewangan Asia memberikan impak kepada Malaysia hingga hampir menyebabkan matawang, stok saham dan pasaran hartanah runtuh. Walau bagaimanapun, Malaysia berjaya melalui tempoh tersebut dan ekonomi kembali dipulihkan. Di samping itu, Skandal 1MDB pada tahun 2015 juga menjadi salah satu daripada skandal rasuah global yang terbesar yang mana Najib Razak, Perdana Menteri Malaysia ke-5 turut terpalit dengan isu ini. Skandal ini menyebabkan berlakunya perubahan pada parti politik yang memerintah sejak kemerdekaan selepas pilihanraya umum pada tahun 2018. Pada tahun 2020an, Malaysia dilanda lagi dengan krisis politik yang diburukkan pula dengan krisis ekonomi akibat pandemik COVID-19.
Malaysia menghadapi situasi di mana Parlimen telah digantung lama buat pertama kalinya dalam sejarah negara bangsa Malaysia hingga pilihanraya umum dilangsungkan pada November 2022. Pada 24 November 2022, Anwar Ibrahim, telah mengangkat sumpah menjadi Perdana Menteri Malaysia ke-10, sekaligus menjadi ketua kepada parti yang utama memegang pentadbiran negara.
