Kuasa pentadbiran negeri-negeri di Malaysia dibahagikan antara kerajaan persekutuan dan kerajaan negeri dengan setiap satunya mempunyai bidang kuasa yang berbeza pula. Kerajaan persekutuan memegang pentadbiran di wilayah persekutuan secara terus.
Setia negeri mempunyai Dewan Undangan Negeri (DUN) yang bersifat unicameral atau selapis sahaja yang mana ahlinya dipilih daripada setiap konstituensi. Kerajaan negeri akan diketuai oleh Menteri Besar yang dipilih pula daripada parti majoriti yang menduduki kerusi dalam Dewan Undangan Negeri.
Di setiap negeri pula, terdapat seorang pemerintah yang mewarisi tampuk pemerintahan secara turun temurun dengan Menteri Besarnya adalah seorang berbangsa Melayu, dipilih oleh pemerintah negeri tersebut berdasarkan kepada syor daripada Perdana Menteri. Bagi Sarawak pula, Ketua Menterinya dipilih melalui Konvensyen Pilihan Raya Negeri yang diadakan dalam masa yang sama dengan Pilihan Raya Umum di peringkat persekutuan.
Pentadbiran rendah di Malaysia dijalankan oleh pihak berkuasa tempatan termasuklah majlis bandaraya, majlis daerah dan majlis perbandaran. Walau bagaimanapun, kerajaan persekutuan dan kerajaan negeri boleh mengasaskan badan berkanun yang berkuasa autonomi pula untuk menguruskan beberapa tugasan khusus. Perlembagaan Persekutuan meletakkan pihak berkuasa tempatan di luar daripada wilayah persekutuan di bawah kuasa eksklusif kerajaan negeri, walaupun secara amalinya, kerajaan persekutuan masih lagi masuk campur dalam urusan kerajaan tempatan di peringkat negeri. Terdapat sebanyak 154 pihak berkuasa tempatan yang mengandungi 14 majlis bandaraya dan 38 majlis perbandaran serta 97 majlis daerah di Malaysia.
Sejumlah 13 buah negeri di Malaysia ini didasarkan kepada kerajaan-kerajaan Melayu yang wujud dalam sejarah dengan sembilan daripada 11 buah negeri di Semenanjung Malaysia dikenali sebagai negeri-negeri Melayu. Negeri-negeri Melayu ini masih lagi mengekalkan kerabat diraja masing-masing. Duli Yang Maha Mulia Yang Di-Pertuan Agong (YDPA) akan dipilih daripada sembilan sultan atau raja yang memerintah di negeri-negeri Melayu tersebut bagi perkhidmatan selama lima tahun untuk satu penggal. Selanjutnya, YDPA akan melantik gabenor di negeri-negeri yang tidak mempunyai sistem monarki untuk menjalankan perkhidmatan selama empat tahun bagi satu penggal selepas dinasihati oleh Ketua Menteri di negeri terbabit.
Setiap negeri di Malaysia mempunyai perlembagaan bertulis mereka sendiri. Di samping itu, Sabah dan Sarawak juga mempunyai autonomi yang melebihi negeri-negeri lain, terutamanya sekali kuasa menentukan dasar serta kawalan imigresen yang berasingan dan juga status kependudukan yang khusus. Campur tangan kerajaan persekutuan dalam urusan kerajaan negeri, kurangnya kemajuan dan pertikaian berhubung dengan royalti minyak telah menyebabkan timbulnya kenyataan mengenai pemisahan daripada pemimpin di negeri-negeri seperti Pulau Pinang, Johor, Kelantan, Sabah dan Sarawak. Walau bagaimanapun, kenyataan ini hanyalah bersifat kenyataan disebabkan ketidakpuasan hati mereka semata-mata, namun tiada sebarang susulan atau gerakan ke arah kemerdekan pun yang wujud.
