Menurut laman web Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia (SUHAKAM), inisiatif penubuhan sebuah institusi hak asasi manusia nasional di Malaysia bermula dengan penglibatan aktif Malaysia dalam Majlis Hak Asasi Manusia atau Human Rights Council (HRC) di Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (UN) antara tahun 1993 hingga tahun 1995. Pada ketika itu, Malaysia telah dipilih sebagai ahli dalam Majlis Ekonomi dan Sosial Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu atau dalam bahasa Inggerisnya, United Nations Economic and Social Council (ECSC).
Tan Sri Dato' Musa Hitam, pemimpin delegasi Malaysia, telah dilantik sebagai Pengerusi untuk Sesi ke-52 dalam Majlis Hak Asasi Manusia pada tahun 1995 yang diikuti dengan penggal kedua (1996 - 1998) dan penggal ketiga (2001 - 2003).
Pada tahun 1994, Tan Sri Dato' Musa Hitam mencadangkan kepada kerajaan Malaysia supaya menubuhkan satu institusi hak asasi manusia kebangsaan atau national human rights instution dalam bahasa Inggerisnya. Faktor yang mempengaruhi cadangan yang dikemukakan oleh beliau ini adalah seperti berikut:
- Penekanan yang semakin bertambah kepada hak asasi manusia yang mana ia diiktiraf secara global sebagai merentasi sempadan dan kedaulatan;
- Penglibatan Malaysia yang aktif dalam sistem Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (UN); dan
- Perubahan dalam iklim politik di Malaysia dengan pengundi yang celik politik serta masyarakat madani yang dinamik.
Pada 24 April 1999, Datuk Seri Syed Hamid Albar, Menteri Luar Malaysia mengumumkan bahawa satu usul Rang Undang-Undang (RUU) akan dibentangkan dalam sidang Parlimen pada Julai 1999 bagi penubuhan Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia (SUHAKAM). Kertas kabinet ini dipandu oleh Prinsip Paris 1993 yang menyenaraikan kriteria antarabangsa bagi sesebuah suruhanjaya hak asasi manusia yang bebas dan juga berdasarkan kepada pengalaman institusi hak asasi manusia lain yang telah ditubuhkan khususnya di rantau Asia Pasifik.
Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Malaysia (SUHAKAM) seterusnya ditubuhkan oleh Parlimen Persekutuan Malaysia di bawah Akta Hak Asasi Manusia Malaysia 1999 [Akta 597] serta diwartakan pada 9 September 1999. Selepas itu, mesyuarat julung kali SUHAKAM diadakan pada 24 April 2000.
Pada 3 April 2000, Tan Sri Dato' Musa Hitam diumumkan sebagai Pengerusi SUHAKAM yang pertama bersama dengan 12 orang ahli Suruhanjaya lain bagi perkhidmatan selama satu penggal iaitu kira-kira dua tahun. Jawatan ahli Suruhanjaya ini boleh diperbaharui hingga dua penggal. Ahli Suruhanjaya yang terpilih memaparkan kepelbagaian dan pluralisme dalam masyarakat Malaysia selain daripada pengalaman, komitmen, kebebasan dan ketelusan individu mereka.
Pejabat Urus Setia SUHAKAM mula beroperasi dari sebuah kabin kontena di Kementerian Luar Negeri (Wisma Putra). Pada 24 November 2000, SUHAKAM berpindah ke premis lain di Menara Tun Razak di Jalan Raja Laut dan seterusnya berpindah lagi ke Menara Tabung Haji Perdana di Jalan Sultan Ismail, Kuala Lumpur. Bangunan Menara Tabung Haji Perdana dipilih kerana lokasinya yang terletak di pertengahan pusat bandar dan kemudahan akses kepada pengangkutan awam untuk keselesaan orang awam yang berkunjung ke SUHAKAM sendiri.
Pada 23 Ogos 2019, Pejabat Pesuruhjaya Kanak-Kanak atau the Office of Children's Commissioner ditubuhkan di bawah Akta 597 untuk memberikan fokus kepada usaha mempromosi dan melindungi hak kanak-kanak di Malaysia selaras dengan Konvensyen mengenai Hak Kanak-Kanak, Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu (UNCRC).
